A csapat eddigi egyetlen bajnoki címét a 2003-04-es szezonban szerezte, amikor is a Holpert, Boldsen, Jeppesen és Lars Christiansen fémjelezte együttes felért a Bundesliga csúcsára. Ugyanebben az évben a csapat a szlovén Celje mögött a Bajnokok Ligája második helyén végzett, valamint megnyerte a Német Kupát is.
A Flensburg története során eddig háromszor nyerte meg a Német Kupát, egyszer-egyszer az EHF-Kupát és a KEK-et, szintén egyszer volt bajnok, valamint tízszer végzett a Bundesliga második helyén.
